列報境外已納所得稅可扣抵應以境外收入減除相關成本費用後所得額計算限額
國稅局查核一公司年度營利事業所得稅結算申報案件，列報境外無形資產授權之權利金收入5.2億餘元及境外所得可扣抵稅額6千4百餘萬元，國稅局查核發現該公司以當年度購入專利權授權境外公司使用取得權利金收入，因該專利權已列報攤提費用2.4億餘元，經國稅局重新計算境外所得2.8億餘元及可扣抵限額4千7百餘萬元，予以補稅約1千7百餘萬元。
營利事業列報境外已納所得稅可扣抵稅額時，應備妥相關納稅憑證，並以境外收入減除相關成本費用後之所得為計算基礎，在不超過因加計國外所得依國內適用稅率計算增加之應納稅額限額內申報扣抵。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是跨國投資加盟連鎖經營業者，營利事業總機構在中華民國境內者，依所得稅法第3條第2項規定，應就其境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。對於其來自境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得由納稅義務人提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵，其可扣抵限額計算，是以境外收入減除相關成本費用後之所得額為準，而不是直接以該筆境外收入來計算。
以下 總公司設立分支機構應知實務知識及案例
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設立分支機構相關稅法律條文
稅捐稽徵法第44條
營利事業依法規定應給與他人憑證而未給與，應自他人取得憑證而未取得，或應保存憑證而未保存者，應就其未給與憑證、未取得憑證或未保存憑證，經查明認定之總額，處百分之五罰鍰。
但營利事業取得非實際交易對象所開立之憑證，如經查明確有進貨事實及該項憑證確由實際銷貨之營利事業所交付，且實際銷貨之營利事業已依法處罰者，免予處罰。
前項處罰金額最高不得超過新臺幣一百萬元。
總公司設立分支機構應知實務知識及案例:
申請總繳但未將總分支機構銷售額合併申報營業稅罰鍰千萬
有一公司經財政部核准總繳之營業人，105年11月至12月間無銷售額，惟其所屬乙分公司，於該期間有銷售貨務或勞務與丙公司等營業人，金額合計1億5,700餘萬元，已開立統一發票，惟未按期向其所在地主管稽徵機關辦理105年11月至12月(期)營業稅申報，經乙分公司所在地主管稽徵機關通報總機構該公司所在地之主管稽徵機關查核，查得該公司亦未彙總辦理105年11月至12月(期)營業稅申報，違反營業稅法第35條規定，逾規定期限未申報銷售額及未按應納稅額繳納營業稅，除補徵稅額786萬餘元外，申請核准總繳之營業人，還應就總機構及其所有其他固定營業場所有銷售貨物或勞務，由總機構合併向所在地主管稽徵機關申報銷售額及繳納營業稅額。並依同法第51條第1項第2款規定，按所漏稅額處1.5倍罰鍰1,179萬餘元。
已依加值型及非加值型營業稅法（營業稅法）第38條規定，且經核准由總機構合併總繳之營業人，總機構及其所有他固定營業場所仍應分別按期向所在地主管稽徵機關申報進、銷項營業稅資料、統一發票明細表及營業人銷售額及稅額申報書，除總機構外，其他固定營業場所有應納營業稅免予繳納，總機構應彙集自身填寫及所屬其他固定營業場所申報書收執聯影本，加總合計後填寫申報書，計算應繳營業稅，向公庫繳納後，再向總機構所在地主管稽徵機關申報，總機構如未依規定將所屬其他固定營業場所之銷售額合併申報，除補稅外並以總機構為違章主體裁處罰鍰。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是跨國投資加盟連鎖經營業者，經財政部依加值型及非加值型營業稅法（營業稅法）第38條規定核准總繳之營業人，其分公司有銷售貨物或勞務之銷售額，總機構應合併申報，倘經查獲未申報或短漏報銷售額，致短漏稅額者，除應依法補稅外尚須遭受處罰。
總公司設立分支機構應知實務知識及案例:
母公司本身股票或獎酬子公司員工子公司得認列費用
公司發行或給與本身股票或其他權益商品獎酬其從屬公司員工，從屬公司於申報營利事業所得稅時，得認列薪資支出費用。
財政部於107年12月28日核釋，公司為獎勵及酬勞從屬公司員工，依公司法、證券交易法或金融控股公司法規定，以員工酬勞入股、發行員工認股權憑證、現金增資保留部分股份供員工認購、買回庫藏股轉讓予員工或發行限制員工權利新股等方式，獎酬其從屬公司員工者，該從屬公司依財務會計規定，衡量自其員工取得勞務並於既得期間內認列之費用，於申報營利事業所得稅時，得列報為從屬公司之薪資支出。
公司基於集團企業發展，以公司(例如母公司)本身股票或其他權益商品獎酬從屬公司(例如子公司)員工，以留住優秀人才，參據國際財務報導準則及企業會計準則公報相關規定，由於從屬公司未來可取得員工提供之勞務，上開採股份基礎獎酬從屬公司員工之交易，認屬控制公司對從屬公司之出資，再由從屬公司以該資金獎酬員工並於財務會計帳上認列薪資費用，考量該員工係提供勞務予從屬公司，對從屬公司營業收入產生效益，基於收入成本配合原則，從屬公司於申報營利事業所得稅時，得認列薪資支出。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，母公司本身股票或其他權益商品獎酬從屬子公司員工，從屬公司於申報營利事業所得稅時，得認列薪資支出費用。
依營利事業所得稅查核準則第七十一條第一款
所稱薪資支出總額包括：
薪金、俸給、工資、津貼、獎金、退休金、退職金、養老金、資遣費、按期定額給付之交通費及膳宿費、各種補助費及其他給與。
營利事業所得稅查核準則 第七十一條 （93.1.2.修正）
薪資支出：
所稱薪資總額包括：薪金、俸給、工資、津貼、獎金、退休金、退職金、養老金、資遣費、按期定額給付之交通費及膳宿費、各種補助費及其他給與。
公司、合作社職工之薪資，經事先決定或約定，執行業務之股東、董事、監察人之薪資，經組織章程規定或股東大會或社員大會預先議決，不論盈虧必須支付者，准予核實認列。
合夥及獨資組織執行業務之合夥人，資本主及經理之薪資，不論盈虧必須支付者，准予核實認列；其他職工之薪資，不論盈虧必須支付並以不超過規定之通常水準為限。其超過部分，應不予認定。上述薪資通常水準，由財政部各地區國稅局於會計年度開始二個月前調查擬訂，報請財政部核定之。
公司股東、董事或合夥人兼任經理或職員者，應視同一般之職工，核定其薪資支出。
薪資支出非為定額，但依公司章程、股東會議決、合夥契約或其他約定有一定計算方法，而合於第二款及第三款之規定者，應予認定。
聘用外國技術人員之薪資支出，於查帳時，應依所提示之聘用契約核實認定。
營利事業職工退休金費用認列規定如下：
營利事業訂有職工退休辦法者，於報請稽徵機關核准後，每年得在不超過當年度已付薪資總額百分之四限度內提列職工退休金準備，並以費用列支；設置職工退休基金，符合營利事業設置職工退休基金保管運用及分配辦法之規定者，每年得在不超過當年度已付薪資總額百分之八限度內提撥職工退休基金，並以費用列支。但不得同時提列職工退休金準備及提撥職工退休基金，重複列報退休金費用。
適用勞動基準法之營利事業，報經社政主管機關核准者，每年度得在不超過該年度已付薪資總額百分之十五限度內，提撥勞工退休準備金，並以費用列支。除不符勞動基準法勞工身分之職工，未經就其薪資總額提撥勞工退休準備金者，得依前目規定擇一提列職工退休金準備或提撥職工退休基金者外，不得再依前目規定重複列報退休金費用。
已依前二目規定提列職工退休金準備、提撥職工退休基金或勞工退休準備金者，以後職工退休、資遣發給退休金或資遣費時，應儘先沖轉職工退休金準備，或由職工退休基金或勞工退休準備金項下支付；不足時，始得以當年度費用列支。
八、營利事業因解散、廢止或轉讓，依所得稅法第七十五條規定計算清算所得時，職工退休金準備之累積餘額，應轉作當年度收益處理。但轉讓時，經約定全部員工均由新組織留用，並繼續承認其年資者，其以往年度已依法提列之職工退休金準備累積餘額，得轉移新組織列帳。
薪資支出未依法扣繳所得稅款者，除應通知限期補繳、補報扣繳憑單，並依法處罰外，依本條有關規定予以認定。
支付臨時工資，應有簽名或蓋章之收據或名冊為憑。
薪資支出之原始憑證，為收據或簽收之名冊；其由工會或合作社出具之收據者，應另付工人之印領清冊；職工薪資如係送交銀行分別存入各該職工帳戶者，應以銀行蓋章證明存入之清單予以認定。
因業務需要延時加班而發給之加班費，應有加班紀錄，憑以認定；其未提供加班紀錄或超出勞動基準法第三十二條所訂定之標準部分，仍應按薪資支出列帳，並應依規定合併各該員工之薪資所得扣繳稅款。
總公司設立分支機構應知實務知識及案例
分支機構應開立自行領用之統一發票交付買受人以免遭處罰鍰
國稅局查核發現，轄內Ａ公司甲營業所為Ａ公司之分支機構，於開幕後即開始營業，因尚未向國稅局申請營業登記，乃於銷售貨物時，開立Ａ公司另一分支機構乙營業所領用之統一發票交付買受人，違反稅捐稽徵法第44條第1項前段所稱營利事業依法規定應給與他人憑證而未給與之規定，經該局依稅捐稽徵法第44條就查明認定之總額1千萬元處5%之罰鍰50萬元。
Ａ公司固得依加值型及非加值型營業稅法第38條第2項規定，申經財政部核准就其分支機構所銷售之貨物或勞務，由總公司合併申報銷售額、應納或溢付營業稅額。惟就營業稅法而言，總公司與其所屬其他固定營業場所係屬不同之營業人，各營業人就其實際銷售貨物或勞物之行為，應各自以自己名義開立統一發票交付買受人，此與其和總公司在法律上是否屬同一人格或營業稅總繳無涉。蓋依前述，營業稅法上之稅籍登記不以有法人人格為限，分支機構亦得為之，則在營業稅法上，已為稅籍登記之分支機構，亦得獨立開立統一發票，依營業稅法第28條、第38條及第32條規定，應由各稅籍登記之實際交易主體為之，不受法人格影響。
國稅局進一步解釋，甲營業所為實際銷售人，自應由其開立統一發票，其未開立，即該當稅捐稽徵法第44條「應給與他人憑證而未給與」之客觀構成要件，且該處罰係行為罰，行為人一旦違反作為義務，不問有無漏稅結果，即應予處罰。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，營利事業各分支機構於銷售貨物或勞務時，應依營業稅法相關規定，開立自行領用之統一發票交付買受人，以免因違反稅捐稽徵法第44條規定，而遭處罰鍰。
總公司設立分支機構應知實務知識及案例:
總分支機構涉及逃漏營業稅時之補稅處罰對象
總機構及其分支機構之營業稅採分別申報，總機構與其分支機構若有涉及違章情事，則以其實際發生違章行為之總機構或分支機構為違章主體，依法由各該主管稽徵機關予以補稅處罰。但若是經財政部核准由總機構合併申報銷售額、應納或溢付稅額之營業人，其分支機構如有涉及加值型及非加值型營業稅法第51條第1項各款逃漏營業稅之違章情事，應由總機構所在地主管稽徵機關對該總機構予以補稅處罰。
依營業稅法第38條第2項規定，經核准由總機構合併申報銷售額、應納或溢付稅額之營業人，應就總機構及所有其他固定營業場所銷售之貨物或勞務，由總機構合併向所在地主管稽徵機關申報繳納營業稅。總機構因負有合併申報繳納營業稅之義務，故分支機構如有涉及同法第51條第1項各款逃漏營業稅之違章情事，稽徵機關將對該總機構予以補稅處罰。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，依據加值型及非加值型營業稅法規定，營業人之總機構及其他固定營業場所，應分別向所轄國稅局申請營業登記、領用統一發票及申報繳納營業稅，但得向財政部申請核准，由總機構合併向所轄國稅局申報繳納營業稅。因此，若未經財政部核准由總機構合併申報銷售額、應納或溢付稅額之營業人，總機構及其分支機構之營業稅採分別申報，總機構與其分支機構若有涉及違章情事，則以其實際發生違章行為之總機構或分支機構為違章主體，依法由各該主管稽徵機關予以補稅處罰。
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