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營利事業申報營利事業所得稅結算申報後，帳冊憑證滅失之處理方式，依其滅失原因及滅失範圍，分述如下：
一、帳冊滅失原始憑證未滅失者，營利事業可依原始憑證重行記載核定。
二、營利事業當年度關係所得額之原始憑證，遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱以致滅失者
(1)應先在災害發生後之次日起『30』日內向國稅局報備帳冊憑證滅失原因。三、帳冊憑證滅失原因非遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱而致滅失者
(2)如遺失年度營所稅結算申報已經稽徵機關核定時，則暫依原核定數認定。
(3)如遺失年度營所結算申報尚未經稽徵機關核定時，該滅失期間之所得額，稽徵機關得依前3年度核定純益率之平均數核定之。
舉例說明，公司100年度申報營業收入淨額40,000,000元，課稅所得額2,000,000元，前三年度核定純益率為6%。民國101年度因廠房失火造成帳冊憑證滅失，向國稅局報備後國稅局查核，依前三年度核定純益率6%，核定課稅所得額為2,400,000元(營業收入淨額40,000,000元*6%)。
營利事業之帳簿憑證，因攜離營業場所，以致滅失者，該期間所得額，依所得稅法第八十三條及同法施行細則第八十一條規定，稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿、文據；其未提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。四、帳冊憑證滅失未經報備者。
所得稅法第83條 (帳簿文據之提示)
稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿、文據；其未提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。
前項帳簿、文據，應由納稅義務人依稽徵機關規定時間，送交調查；其因特殊情形，經納稅義務人申請，或稽徵機關認有必要，得派員就地調查。
納稅義務人已依規定辦理結算申報，但於稽徵機關進行調查時，通知提示有關各種證明所得額之帳簿、文據而未依限期提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準核定其所得額；嗣後如經調查另行發現課稅資料，仍應依法辦理。
所得稅法第83-1條
稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查時，如發現納稅義務人有重大逃漏稅嫌疑，得視案情需要，報經財政部核准，就納稅義務人資產淨值、資金流程及不合營業常規之營業資料進行調查。
稽徵機關就前項資料調查結果，證明納稅義務人有逃漏稅情事時，納稅義務人對有利於己之事實，應負舉證之責。
所得稅法施行細則第81條
本法第八十三條所稱之帳簿文據，其關係所得額之一部或關係課稅年度中 某一期間之所得額，而納稅義務人未能提示者，稽徵機關得就該部分依查 得資料或同業利潤標準核定其所得額。 本法第八十三條所稱之帳簿文據，其關係未分配盈餘之一部，而納稅義務 人未能提示者，稽徵機關得就該部分依查得資料核定其未分配盈餘。
營利事業之帳簿憑證，因攜離營業場所，以致滅失未經報備者，該期間所得額，依所得稅法第八十三條及同法施行細則第八十一條規定， 稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿、文據；其未提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，營利事業使用之帳簿憑證滅失者，應報請稽徵機關派員勘查，如未依前述規定辦理者，稽徵機關應依所得稅法第83條 及同法施行細則第81條規定，就查得資料或同業利潤標準，核定其所得額。
| 相關稅法條文
所得稅法第83條 (帳簿文據之提示) 稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿、文據；其未提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。 前項帳簿、文據，應由納稅義務人依稽徵機關規定時間，送交調查；其因特殊情形，經納稅義務人申請，或稽徵機關認有必要，得派員就地調查。 納稅義務人已依規定辦理結算申報，但於稽徵機關進行調查時，通知提示有關各種證明所得額之帳簿、文據而未依限期提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準核定其所得額；嗣後如經調查另行發現課稅資料，仍應依法辦理。 所得稅法第83-1條 稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查時，如發現納稅義務人有重大逃漏稅嫌疑，得視案情需要，報經財政部核准，就納稅義務人資產淨值、資金流程及不合營業常規之營業資料進行調查。 稽徵機關就前項資料調查結果，證明納稅義務人有逃漏稅情事時，納稅義務人對有利於己之事實，應負舉證之責。 所得稅法施行細則第13條 執行業務者未依法辦理結算申報，或未依法設帳記載及保存憑證，或未能提供證明所得額之帳簿文據者，稽徵機關得照同業一般收費及費用標準核定其所得額。 前項收費及費用標準，由財政部各地區國稅局徵詢各該業同業公會意見擬訂，報請財政部核定之。 所得稅法施行細則第81條 本法第八十三條所稱之帳簿文據，其關係所得額之一部或關係課稅年度中 某一期間之所得額，而納稅義務人未能提示者，稽徵機關得就該部分依查 得資料或同業利潤標準核定其所得額。 本法第八十三條所稱之帳簿文據，其關係未分配盈餘之一部，而納稅義務 人未能提示者，稽徵機關得就該部分依查得資料核定其未分配盈餘。 |
稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法第26條 營利事業設置之帳簿，除有關未結會計事項者外，應於會計年度決算程序辦理終了後，至少保存十年。但因不可抗力之災害而毀損或滅失，報經主管稽徵機關查明屬實者，不在此限。 前項帳簿，於當年度營利事業所得稅結算申報經主管稽徵機關調查核定後，除有關未結會計事項者外，得報經主管稽徵機關核准後，以縮影機或磁鼓、磁碟、磁片、磁帶、光碟等電子方式儲存媒體，按序縮影或儲存後依前項規定年限保存，其帳簿得予銷毀。但主管稽徵機關或財政部指定之調查人員依法進行調查時，如須複印帳簿，該營利事業應負責免費複印提供。  (此照片與內文無關) 營利事業所得稅查核準則第11條 營利事業當年度使用之帳簿因故滅失者，得報經該管稽徵機關核准另行設置新帳，依據原始憑證重行記載，依法查帳核定。 營利事業當年度關係所得額之全部或一部之原始憑證，因遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱，以致滅失者，該滅失憑證所屬期間之所得額，稽徵機關得依該事業前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數核定之。 營利事業開業或由小規模營利事業改為使用統一發票商號未滿三個年度，致無前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數者，其無核定純益率資料之年度（含未滿一年無全年度核定資料之年度），以各該年度查帳核定當地同業之平均純益率計算之。又災害損失部分，如經查明屬實，得依第一百零二條之規定予以核實減除。 稽徵機關依前項規定使用之前三個年度資料中，如有營利事業申報之純益率尚未經稽徵機關核定之情事，得以申報數為準；俟稽徵機關核定時，按核定數調整之。 營利事業之帳簿憑證，在辦理結算申報後未經稽徵機關調查核定前，因遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱，以致滅失者，除其申報純益率已達該事業前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數者，從其申報所得額核定外，申報純益率未達前三個年度核定純益率之平均數者，應按前二項規定辦理。 營利事業遭受不可抗力災害以致帳簿憑證滅失者，應依第一百零二條第二款規定，併同災害損失報請稽徵機關派員勘查屬實或提出確實證據證明屬實。 營利事業之帳簿憑證滅失者，除合於前五項規定情形者外，稽徵機關應依所得稅法第八十三條及同法施行細則第八十一條規定，就查得資料或同業利潤標準，核定其所得額。 |
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營利事業帳冊憑證滅失稅法上應知實務知識:執行業務者當年度使用之帳簿因災害故滅失者 執行業務者當年度使用之帳簿因故滅失者，得報經該管稽徵機關核准另行設置新帳，依據原始憑證重行記載，依法查帳核定。 執行業務者當年度關係所得額之全部或一部之原始憑證，因遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱，以致滅失者，該滅失憑證所屬期間之所得額，稽徵機關得依該執行業務者前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數核定之。執行業務者開業未滿三年，致無前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數者，其無核定純益率資料之年度(含未滿一年無全年度核定資料之年度)，以各該年度查帳核定當地同業之平均純益率計算之。災害損失部分，經查明屬實者，得依第三十一條之一規定自上述所得額中核實減除。 稽徵機關依前項規定使用之前三個年度資料中，如有執行業務者申報之純益率尚未經稽徵機關核定之情事，得以申報數為準，俟稽徵機關核定時，按核定數調整之。 執行業務者之帳簿憑證，在辦理結算申報後未經稽徵機關調查核定前，因遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱，以致滅失者，除其申報純益率已達該執行業務者前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數者，從其申報所得額核定外，申報純益率未達前三個年度核定純益率之平均數者，應按前二項規定辦理。 阿甘創業加盟網提醒執行業務創業者、開店業者，執行業務者遭受不可抗力災害以致帳簿憑證滅失者，應依第三十一條之一第二款規定，併同災害損失報請稽徵機關派員勘查屬實或提出確實證據證明屬實。執行業務者之帳簿憑證滅失者，除合於前五項規定情形者外，稽徵機關應依所得稅法第八十三條及同法施行細則第十三條規定，按同業一般收費及費用標準核定其所得額。 |
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營利事業帳冊憑證滅失稅法上應知實務知識:營利事業因火災以致當年度原始憑證滅失應如何處理？ 公司的憑證如於辦理結算申報前即滅失，隔年申報時得依前3個年度經稽徵機關核定純益率之平均數，核定滅失憑證所屬期間之所得額；如果該營利事業開業或由小規模營利事業改為使用統一發票商號未滿3年，致無前3個年度經稽徵機關核定純益率之平均數者，其無核定純益率資料之年度(含未滿1年無全年度核定資料之年度)，以各該年度查帳核定當地同業之平均純益率計算之。 舉例說明，一公司100年5月開業，102年憑證因火災滅失，該公司100及101年度經核定之純益率分別為2%及-1%；99至101年度當地同業查帳核定之平均純益率分別為4%、3%、1%，因該公司99年度未開業，而100年度開業未滿1年，所以102年度稽徵機關核定純益率將為2%(即[99年度4%+100年度3%+101年度(-1%)]÷3)。 阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，，營利事業當年度關係所得額之全部或一部之原始憑證，因遭受不可抗力災害以致滅失者，應於事實發生後之次日起30日內，併同災害損失報請稽徵機關派員勘查屬實或提出確實證據證明屬實。 |
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營利事業如遭受不可抗力災害損失，可於事實發生後之次日起30日內，檢具清單及證明文件報請主管稽徵機關勘查核定；當年度使用之帳簿及相關原始憑證因而滅失者，應併同前述災害損失於期限內辦理，或提出確實證據證明屬實。
營利事業因遭受不可抗力災害以致帳簿憑證滅失者，該滅失期間之所得額，稽徵機關得依前3年度核定純益率之平均數核定之。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，營利事業開業或由小規模營利事業改為使用統一發票商號未滿3個年度，致無前3個年度核定純益率之平均數者，其無核定純益率資料之年度，以各該年度查帳核定當地同業之平均純益率計算。另營利事業前3年度如有申報之純益率尚未經稽徵機關核定情形，得暫以申報數為準，俟稽徵機關核定後，再按核定數予以調整。
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