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財政部國稅局辦理例行性之扣繳檢查時，發現有不少經核定免用統一發票之小規模營利事業，即俗稱小店戶，例如早餐店、麵食館、小吃店、飲料店、自助餐等營業人，因不諳稅法之扣繳規定，於給付員工薪資或給付房東租金時，往往未依規定扣取稅款及申報扣免繳憑單而遭補稅送罰。
舉例說明，營利事業如向中華民國境內之個人房東承租房屋，每月給付租金時須先按百分之十扣取稅款，除每次應扣繳稅額不超過新臺幣二千元者，免予扣繳外，須先按百分之十扣取稅款，於次月十日前向公庫繳納，並於次年一月底前申報扣免繳憑單。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，小規模營業人如於年度中有給付薪資、租金或各類所得時，應依所得稅法第92條及各類所得扣繳率標辦理扣繳及申報，若有未辦理申報或扣繳所得時，應儘速向所轄國稅局補辦扣繳及申報，以適用相關減輕或免罰規定。
| 小規模營業人免用發票「小店戶」相關稅法條文加值型及非加值型營業稅法第51條 納稅義務人，有下列情形之一者，除追繳稅款外，按所漏稅額處五倍以下 罰鍰，並得停止其營業： 一、未依規定申請營業登記而營業者。 二、逾規定期限三十日未申報銷售額或統一發票明細表，亦未按應納稅額 繳納營業稅者。 三、短報或漏報銷售額者。 四、申請註銷登記後，或經主管稽徵機關依本法規定停止其營業後，仍繼 續營業者。 五、虛報進項稅額者。 六、逾規定期限三十日未依第三十六條第一項規定繳納營業稅者。 七、其他有漏稅事實者。 納稅義務人有前項第五款情形，如其取得非實際交易對象所開立之憑證， 經查明確有進貨事實及該項憑證確由實際銷貨之營利事業所交付，且實際 銷貨之營利事業已依法補稅處罰者，免依前項規定處罰。 商業登記法第3條 商業及其分支機構，除第4條第1項規定外，非經主管機關登記，不得開業。 商業登記法第4條 左列各款小規模商業，得免依本法申請登記︰ 一、攤販。 二、家庭農、林、漁、牧業者。 三、家庭手工業者。 四、合於中央主管機關所定之其他小規模營業標準者。 | 商業登記法第32條 違反第3條規定，未經登記即行開業者，其行為人各處新臺幣1萬元以上3萬元以下罰鍰，並由主管機關命令停業。經主管機關依前項規定處分後仍拒不停業者，得按月連續處罰。商業登記法施行細則第3條 本法第四條第一項第四款所稱小規模營業標準，係指每月銷售額未達營業 稅課徵起徵點而言。  (此照片與內文無關) 稅捐稽徵法第41條 納稅義務人以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，處五年以下有期徒刑、 拘役或科或併科新臺幣六萬元以下罰金。 稅捐稽徵法第44條 營利事業依法規定應給與他人憑證而未給與，應自他人取得憑證而未取得，或應保存憑證而未保存者，應就其未給與憑證、未取得憑證或未保存憑證，經查明認定之總額，處百分之五罰鍰。但營利事業取得非實際交易對象所開立之憑證，如經查明確有進貨事實及該項憑證確由實際銷貨之營利 事業所交付，且實際銷貨之營利事業已依法處罰者，免予處罰。 前項處罰金額最高不得超過新臺幣一百萬元。 |
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 (此照片與內文無關) | 小規模營業人免用發票「小店戶」稅法上應知實務知識:小規模營業人營業稅太高應如何處理 小規模營利事業稽徵機關會視營業人營業項目、營業場所或營業狀況，核定其使用統一發票並按進銷項差額報繳營業稅。日後稽徵機關會視營業人是否有變更營業項目、擴大營業場所或營業狀況、商譽、季節性及其他必須調整銷售額之情形，得隨時重行調整銷售額，亦得視營業人之營業性質與能力，核定其使用統一發票並按進銷項差額報繳營業稅。 阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，小規模營業人如覺營業稅太高，可自行加總最近6個月的所有交易資料，計算出平均月銷售額。再將資料送至所轄的國稅局，要求更正查定銷售額，營業稅服務區人員重新實地查核更正。或是利用查定課徵的減免(營業人購買營業上使用之貨物或勞務，取得載有營業稅額的憑證(統一發票，並依規定於1、4、7、10月之5日前申報，即可將進項稅額10%，在查定稅額內扣減，前項稅額10%超過查定稅額者，次期得繼續扣減)。虛報之進項金額，經進、銷項稅額相抵後，已發生逃漏稅捐之結果，除補徵營業稅額外亦要負擔巨額之罰鍰，另外倘涉及刑責實在得不償失。 |
| 小規模營業人免用發票「小店戶」稅法上應知實務知識: 小規模營業人應納的稅款如逾期不繳會受到什麼處分 逾期繳納稅捐，年逾二日按應繳稅款加徵百分之一滯納金，超過三十日未繳者，移送法院強制執行，除了加徵滯納金及滯納利息（直到繳納之日為止），還要加收強制執行費用。 |  (此照片與內文無關) |
小規模營利事業如未設帳及記載並未自行依規定辦理結算申報者，國稅局將依據稅捐稽徵處查定的營業額，並依財政部頒訂的擴大書面審核營利事業所得稅結算申報案件實施要點中的純益率標準核算所得額，然後按營利事業所得稅稅率求出應繳的稅額。
舉例來說，一西藥房全年繳了營業稅本稅22,260元（係指尚未扣抵進項稅額的百分之十以前的應納營業稅），則換算出應納的營利事業所得稅為23,390元，計算的過程如下：
全年營業稅本稅 ÷ 營業稅稅率＝全年營業收入
22,260元 ÷ 1% ＝ 2,226,000元
全年營業收入 × 純益率 ＝ 所得額
2,226,000元 × 6% ＝ 133,560元
所得額 × 所得稅稅率 － 累進差額 ＝ 營利事業所得稅
133,560元 × 25% － 10,000元 ＝ 23.390元
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