研究發展支出投資抵減否准認列補稅3百餘萬
一公司年度營利事業所得稅申報研究發展支出6千餘萬元及投資抵減稅額9百餘萬元，查核發現該研究發展支出包含行政人員薪資1百餘萬元及全新儀器設備之購置成本2千餘萬元，因行政人員未實際從事開發或設計新產品等研究發展活動，及全新儀器設備與充實產業軟實力無關連性，且非屬消耗性器材、原料、材料及樣品之研究發展支出項目，該等支出不符合規定否准認列，予以補稅3百餘萬元。
公司或有限合夥事業於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，得選擇以「抵減率15%、抵減年限1年」或「抵減率10%、抵減年限3年」方式，於不超過當年度應納營利事業所得稅額30%限額內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，抵減方式一經擇定，在當年度結算申報期間屆滿後不得變更。該局特別整理下列常見申報研究發展支出項目之規定要件。
阿甘創業加盟網提醒餐飲和食品創業者、開店業者，特別是餐飲加盟連鎖經營業者，，營利事業列報投資抵減稅額時，其相關研究發展支出應符合稅法及相關規定，如最近3年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事之公司或有限合夥事業投資於研究發展之支出，經中央目的事業主管機關（如經濟部工業局）認定符合高度創新者，符合規定之支出得抵減應納營利事業所得稅額。
研發支出抵稅應符合條件確實申報
國稅局查核發現一公司年度營利事業所得稅結算申報案件，申報適用投資抵減之研究發展人員薪資1億4,000餘萬元，其中部分人員為非全職投入研究工作人員，部分人員係從事秘書助理工作人員，且未提供各該等人員研究紀錄或日誌資料，核非屬前揭審查要點規定之專門從事研究發展工作之全職人員，故依規定剔除相關人員薪資6,897餘萬元，調整減除可抵減稅額2,069餘萬元。
公司依「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」規定，以研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資申報適用投資抵減時，應檢視申報人員是否確屬配置於研究發展單位且專門從事研究發展工作之全職人員，如係兼職人員或雖為研究發展單位人員，惟非專業從事研究發展工作之人員，如:其他行政、助理、市場調查、統計及管制等人員及其主管，均不得列報抵減。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家特別是連鎖加盟業者，公司以研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資申報適用投資抵減時，應確實依前揭規定辦理。
以下 適用產業創新條例研發者應知法規及實務案例
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適用產業創新條例研發者相關稅法條文
產業創新條例第10條
為促進產業創新，公司得在投資於研究發展支出金額百分之十五限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限。
前項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。
捐稽徵法第48-1條
納稅義務人自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款者，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，下列之處罰一律免除；其涉及刑事責任者，並得免除其刑： 一、本法第四十一條至第四十五條之處罰。 二、各稅法所定關於逃漏稅之處罰。 前項補繳之稅款，應自該項稅捐原繳納期限截止之次日起，至補繳之日止，就補繳之應納稅捐，依原應繳納稅款期間屆滿之日郵政儲金匯業局之一年期定期存款利率按日加計利息，一併徵收。
所得稅法第100條
納稅義務人每年結算申報所得額經核定後，稽徵機關應就納稅義務人全年應納稅額，減除暫繳稅額、未抵繳之扣繳稅額、可扣抵稅額及申報自行繳納稅額後之餘額，填發繳款書，通知納稅義務人繳納。但依法不併計課稅之所得之扣繳稅款，及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，不得減除。 納稅義務人結算申報，經核定有溢繳稅款者，稽徵機關應填發收入退還書或國庫支票，退還溢繳稅款。 其後經復查、或訴願、或行政訴訟決定應退稅或補稅者，稽徵機關應填發繳款書，或收入退還書或國庫支票，送達納稅義務人，分別退補；應補稅之納稅義務人，應於繳款書送達後十日內繳納之。 前二項應退之稅款，稽徵機關於核定後，應儘速填發收入退還書或國庫支票送達納稅義務人，至遲不得超過十日，收入退還書之退稅期間以收入退還書送達之日起三個月內為有效期間，逾期不退。 納稅義務人依第一百零二條之二規定申報之未分配盈餘，經稽徵機關核定補稅或退稅者，準用第一項至第四項之規定。
適用產業創新條例研發者應知法規及實務案例:
適用產業創新條例有限合夥組織合夥人獲配源自所得稅法4條之1盈餘免稅
有限合夥組織如有申請適用產業創新條例第23條之1規定情事者，其個人合夥人或總機構在我國境外之營利事業合夥人，所獲配有限合夥組織之盈餘，若係源自所得稅法第4條之1規定證券交易所得部分，免納所得稅。
依據106年11月22日修正公布產業創新條例第23條之1規定，自106年1月1日起至108年12月31日止，依有限合夥法規定新設立且屬產業創新條例第32條規定之創業投資事業，其各年度之資金運用於我國境內及投資於實際營運活動在我國境內之外國公司金額合計達其當年度實收出資總額50%並符合政府政策，且符合
（1）設立當年度及第2年度，各年度終了日有限合夥契約約定出資總額達新臺幣3億元。
（2）設立第3年度，實收出資總額於年度終了日達1億元。
（3）設立第4年度，實收出資總額於年度終了日達2億元，且累計投資於新創事業公司之金額達該事業當年度實收出資總額30%或3億元。
（4）設立第5年度，實收出資總額於年度終了日達3億元，且累計投資於新創事業公司之金額達該事業當年度實收出資總額30%或3億元等條件，經申請中央主管機關逐年核定者，自設立之會計年度起10年內，該創業投資事業個人合夥人或總機構在我國境外之營利事業合夥人，所獲配有限合夥盈餘，如係源自所得稅法第4條之1規定證券交易所得部分，不計入合夥人所得額課稅。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家特別是連鎖加盟業者，適用產業創新條例第23條之1規定者，有限合夥組織合夥人應注意相關適用條件及申請程序，以獲配源自所得稅法4條之1盈餘免稅權益。
適用產業創新條例研發者應知法規及實務案例
有部分公司未依規定向主管機關申請認定當年度研發活動，或申請認定研發活動金額與結算申報適用投資抵減支出金額不一致，或嗣後全部或部分撤回原申請認定研發活動，因其結算申報時已抵減當年度應納營利事業所得稅，造成短繳稅款補徵稅款情形，補徵稅款並依所得稅法第100條之2規定加計利息。
公司申請適用產業創新條例研發投資抵減者，應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內（以會計年度採歷年制之公司為例，應於102年2月至5月提出）填寫結算申報書租稅減免部分第10-1頁「依產業創新條例申報減免稅額通報單」及第15-2頁「產業創新條例研究發展支出適用投資抵減明細表」，檢具有關文件向中央目的事業主管機關申請認定當年度研究發展活動，始符合適用租稅優惠之資格。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家特別是連鎖加盟業者，注意申請適用租稅獎勵之程序要件，且應於5月31日以前向中央目的事業主管機關提出申請，以符合獎勵要件。
適用產業創新條例研發者應知法規及實務案例
抵減設備3年內移轉者應補稅及加息
近年來，隨著兩岸經濟的快速發展，加盟連鎖業到大陸開加盟連鎖店設中央工廠的情形已是非常普遍，加盟連鎖業業者如果將已申請抵減所得稅之機器設備，在交貨之次日起3年內，移轉給大陸子公司使用者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之所得稅款，並自各抵減年度所得稅結算申報屆滿之次日起至繳納之日止，依中華郵政1年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家特別是連鎖加盟業者，移轉給大陸子公司使用者情形包括有轉借、出租、轉售、退貨、拍賣、失竊、報廢、經他人依法收回、與他人交換或其他無法供自行使用之情形。
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