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國稅局舉例說明：獨資商號於105年5月辦理104年營利事業所得稅結算申報時，倘營利事業所得額為1,000萬元，應納稅額170萬元，應納稅額半數為85萬元，減除尚未抵繳扣繳稅額2萬元，應納結算稅額為83萬元，應於申報前自行繳納。其營利事業所得額減除應納稅額半數後之餘額915萬元（1,000萬元-85萬元）則列為資本主的營利所得，併入綜合所得稅辦理申報。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家特別是連鎖加盟業者，自104年起我國兩稅合一制由完全設算扣抵制，修正為部分設算扣抵制，因此修正後獨資、合夥組織之營利事業於辦理營利事業所得稅結（決、清）算申報時，須以其全年應納稅額之半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納；其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人課徵綜合所得稅；但如規模狹小、交易零星，每月銷售額未達使用統一發票標準之小規模營利事業，則仍維持原制度課徵綜合所得稅，無須辦理營利事業結(決、清）算申報。
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相關法律條文
所得稅法第14條 納稅義務人未依規定期限辦理結算申報者，稽徵機關應即填具滯報通知書，送達納稅義務人，限於接到滯報通知書之日起十五日內補辦結算申報；其屆期仍未辦理結算申報者，稽徵機關應依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額及應納稅額，並填具核定稅額通知書，連同繳款書，送達納稅義務人依限繳納；嗣後如經調查另行發現課稅資料，仍應依稅捐稽徵法有關規定辦理。其屬獨資、合夥組織之營利事業者，稽徵機關應於核定其所得額後，將其營利事業所得額直接歸併獨資資本主或合夥組織合夥人之營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。 綜合所得稅納稅義務人及小規模營利事業，不適用前項催報之規定；其屆期未申報者，稽徵機關應即依查得之資料核定其所得額及應納稅額，通知依限繳納；嗣後如經稽徵機關調查另行發現課稅資料，仍應依稅捐稽徵法有關規定辦理。 |
所得稅法第71條 納稅義務人應於每年五月一日起至五月三十一日止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報其上一年度內構成綜合所得總額或營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。但依法不併計課稅之所得之扣繳稅款，及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，不得減除。 前項納稅義務人為獨資、合夥組織之營利事業者，以其全年應納稅額之半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納；其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依第十四條第一項第一類規定列為營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。但其為小規模營利事業者，無須辦理結算申報，其營利事業所得額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依第十四條第一項第一類規定列為營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。 中華民國境內居住之個人全年綜合所得總額不超過當年度規定之免稅額及標準扣除額之合計數者，得免辦理結算申報。但申請退還扣繳稅款及可扣抵稅額者，仍應辦理結算申報。 第一項及前項所稱可扣抵稅額，指股利憑單所載之可扣抵稅額。 第一項及第二項規定之納稅義務人為獨資、合夥組織之營利事業者，應就稽徵機關核定短漏之課稅所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，分別依第一項及第二項之規定倍數處罰，不適用前項規定。 
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獨資、合夥營利事業報稅新制上路
財政部中區國稅局表示，配合財政健全方案的施行，自104年起我國兩稅合一制由完全設算扣抵制，修正為部分設算扣抵制，因此修正後所得稅法第71條第2項及第75條規定，獨資、合夥組織之營利事業於今（105）年起辦理營利事業所得稅結（決、清）算申報時，須以其全年應納稅額之半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納；其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依所得稅法第14條第1項第1類規定列為營利所得，課徵綜合所得稅 。
該局舉例說明：甲獨資商號於今（105）年5月辦理104年營利事業所得稅結算申報時，倘營利事業所得額為1,000萬元，應納稅額170萬元，應納稅額半數為85萬元，減除尚未抵繳扣繳稅額2萬元，應納結算稅額為83萬元，應於申報前自行繳納。其營利事業所得額減除應納稅額半數後之餘額915萬元（1,000萬元-85萬元）則列為甲資本主的營利所得，併入綜合所得稅辦理申報。
該局再次強調，獨資、合夥組織之營利事業，在105年1月1日以後結束營業辦理決、清算申報及今（105）年5月辦理104年度營利事業所得稅結算申報，皆必須就其全年應納稅額的半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納；其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人按合夥比例列為營利所得，併入徵綜合所得稅辦理申報。
以上資料來源:財政部國稅局 新聞稿
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營利事業所得稅結算申報:非小規模商號之營利事業所得稅繳稅方式改變了! 非屬小規模獨資、合夥組織之營利事業，營利事業所得額減除全年應納稅額半數後的餘額，列為資本主或合夥人個人綜合所得稅之營利所得，申報繳納個人綜合所得稅。 國稅局舉例說明，有一獨資商號104年度營利事業所得稅結算申報，營利事業課稅所得額500,000元，全年度應納稅額為85,000元（500,000元*17%），扣繳稅額為2,500元，則該商號應於申報前繳納應繳之營利事業所得稅為40,000元(85,000元*50%-2,500元)；而甲資本主的營利所得為全年所得額減除應納稅額半數後的餘額457,500元(500,000元-85,000元*50%)，應併其104年度個人綜合所得稅申報納稅。 阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家特別是連鎖加盟業者，所得稅法第71條業於103年6月4日修正，並自104年度施行，依修正後所得稅法第71條第2項，非屬小規模獨資、合夥組織之營利事業，自辦理104年度營利事業所得稅結(決、清)算申報起，應以全年度應納稅額之半數，減除尚未抵繳的扣繳稅額，計算應繳之營利事業所得稅，於申報前自行繳納；但如規模狹小、交易零星，每月銷售額未達使用統一發票標準之小規模營利事業，則仍維持原制度課徵綜合所得稅，無須辦理營利事業結(決、清）算申報。 |
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營利事業所得稅結算申報:獨資組織營利事業變更負責人應辦理決算及清算申報
自104年1月1日以後獨資組織營利事業變更負責人，依規定辦理決、清算申報時，應以其全年應納稅額之半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納；其營利事業所得額減除應納稅額半數後之餘額，應由獨資資本主依所得稅法第14條第1項第1類規定列為營利所得，申報個人綜合所得稅。
申請變更負責人的方式，將商號轉讓他人經營，雖然商號的營業人統一編號未變更，但前後負責人已分屬不同之權利主體，前後任負責人皆應各自負擔營業稅申報營業稅，並依修正後所得稅法規定申報納稅，否則將依規定加徵滯報金及滯納金。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家特別是連鎖加盟業者，所得稅法第71條及所得稅法第75條業於103年6月4日修正，並自104年度施行，獨資組織之營利事業變更負責人，原負責人已將獨資組織之全部資產及負債轉讓予新負責人，應依所得稅法第75條規定，辦理當期決算及清算申報。
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非屬小規模營利事業之獨資合夥組織辦理結(決)、清算申報的報繳稅方式，自104年度起依103年6月4日修正公布之「所得稅法」第71條、第75條規定，將由原本「須申報、不須繳納」變更為「須申報、須繳納」。
非小規模營利事業之獨資合夥組織辦理104年度營利事業所得稅結(決)、清算申報時，要以全年應納稅額的半數，減除尚未抵繳的扣繳稅額來計算應繳稅額，於申報前自行繳納；並以其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，列為獨資資本主或合夥人個人綜合所得稅的營利所得，申報個人綜合所得稅。因此以往作為個人綜合所得稅抵繳之「扣繳稅額」，已移往營利事業所得稅全年應納稅額半數中抵繳，無可抵繳之扣繳稅額，不可再重複扣抵。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家特別是連鎖加盟業者，非屬小規模營利事業應注意上述修正規定，另若是小規模營利事業(每月銷售額未達使用統一發票標準，目前為平均每月新臺幣200,000元，按查定課徵營業稅之營業人)，維持原本制度課徵綜合所得稅，仍無須辦理營利事業所得稅結(決)、清算申報。
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