非免稅、停徵或不計入所得額課稅之所得不得自營所稅課稅所得額減除
國稅局查核營利事業所得稅時，發現有一公司辦理年度營利事業所得稅結算申報，將租賃收入900萬元及其他收入400萬元合計1,300萬元列報為收入，惟誤認屬不計入所得額課稅之所得，於計算課稅所得額時，自行於申報書損益及稅額計算表第58欄項下調整減除，經核定短漏報課稅所得額，除補徵營利事業所得稅外，並依所得稅法第110條第1項規定，按所漏稅額處以2倍以下罰鍰。
營利事業倘自行檢視發現於辦理所得稅申報時列報錯誤，致短漏報課稅所得額，於未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，請儘速自動向稽徵機關補報並補繳所漏稅款，以避免遭稽徵機關查獲補稅及處罰。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，營利事業辦理所得稅結算申報時，須注意非免稅、停徵或不計入所得額課稅之所得，不得自課稅所得額減除，以免因短漏報課稅所得額遭補稅處罰。
以下 營利事業所得稅結算申報稅法上應知實務知識及案例
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相關法律條文
所得稅法第14條
納稅義務人未依規定期限辦理結算申報者，稽徵機關應即填具滯報通知書，送達納稅義務人，限於接到滯報通知書之日起十五日內補辦結算申報；其屆期仍未辦理結算申報者，稽徵機關應依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額及應納稅額，並填具核定稅額通知書，連同繳款書，送達納稅義務人依限繳納；嗣後如經調查另行發現課稅資料，仍應依稅捐稽徵法有關規定辦理。
其屬獨資、合夥組織之營利事業者，稽徵機關應於核定其所得額後，將其營利事業所得額直接歸併獨資資本主或合夥組織合夥人之營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。 綜合所得稅納稅義務人及小規模營利事業，不適用前項催報之規定；其屆期未申報者，稽徵機關應即依查得之資料核定其所得額及應納稅額，通知依限繳納；嗣後如經稽徵機關調查另行發現課稅資料，仍應依稅捐稽徵法有關規定辦理。
所得稅法第39條
以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會 計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書 或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前十年 內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。 本法中華民國九十八年一月六日修正之條文施行前，符合前項但書規定之 公司組織營利事業，經稽徵機關核定之以前年度虧損，尚未依法扣除完畢 者，於修正施行後，適用修正後之規定。
所得稅法第71條
納稅義務人應於每年五月一日起至五月三十一日止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報其上一年度內構成綜合所得總額或營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。但依法不併計課稅之所得之扣繳稅款，及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，不得減除。
前項納稅義務人為獨資、合夥組織之營利事業者，以其全年應納稅額之半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納；其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依第十四條第一項第一類規定列為營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。但其為小規模營利事業者，無須辦理結算申報，其營利事業所得額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依第十四條第一項第一類規定列為營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。
中華民國境內居住之個人全年綜合所得總額不超過當年度規定之免稅額及標準扣除額之合計數者，得免辦理結算申報。但申請退還扣繳稅款及可扣抵稅額者，仍應辦理結算申報。 第一項及前項所稱可扣抵稅額，指股利憑單所載之可扣抵稅額。 第一項及第二項規定之納稅義務人為獨資、合夥組織之營利事業者，應就稽徵機關核定短漏之課稅所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，分別依第一項及第二項之規定倍數處罰，不適用前項規定。
所得稅法第102-2條
營利事業應於其各該所得年度辦理結算申報之次年五月一日起至五月三十一日止，就第六十六條之九第二項規定計算之未分配盈餘填具申報書，向該管稽徵機關申報，並計算應加徵之稅額，於申報前自行繳納。其經計算之未分配盈餘為零或負數者，仍應辦理申報。
營利事業於依前項規定辦理申報前經解散或合併者，應於解散或合併日起四十五日內，填具申報書，就截至解散日或合併日止尚未加徵百分之十營利事業所得稅之未分配盈餘，向該管稽徵機關申報，並計算應加徵之稅額，於申報前自行繳納。營利事業未依規定期限申報者，稽徵機關應即依查得資料核定其未分配盈餘及應加徵之稅額，通知營利事業繳納。
營利事業於報經該管稽徵機關核准，變更其會計年度者，應就變更前尚未申報加徵百分之十營利事業所得稅之未分配盈餘，併入變更後會計年度之未分配盈餘內計算，並依第一項規定辦理。 營利事業依第一項及第二項辦理申報時，應檢附自繳稅款繳款書收據及其他有關證明文件、單據。
所得稅法第108-1條
營利事業違反第一百零二條之二規定，未依限辦理未分配盈餘申報，而已依第一百零二條之三第二項規定補辦申報，經稽徵機關據以調查核定其未分配盈餘及應加徵之稅額者，應按核定應加徵之稅額另徵百分之十滯報金。但最高不得超過三萬元，最低不得少於一千五百元。
營利事業逾第一百零二條之三第二項規定之補報期限，仍未辦理申報，經稽徵機關依查得資料核定其未分配盈餘及應加徵之稅額者，應按核定應加徵之稅額另徵百分之二十怠報金。但最高不得超過九萬元，最低不得少於四千五百元。
營利事業所得稅查核準則第99條
投資損失：
一、投資損失應以實現者為限；其被投資之事業發生虧損，而原出資額並 未折減者，不予認定。
二、投資損失應有被投資事業之減資彌補虧損、合併、破產或清算證明文件。被投資事業在國外者，應有我國駐外使領館、商務代表或外貿機 關之驗證或證明；在大陸地區者，應有行政院大陸委員會委託處理臺灣地區與大陸地區人民往來有關事務之機構或團體之證明。
三、因被投資事業減資彌補虧損而發生投資損失，其需經主管機關核准者，以主管機關核准後股東會決議減資之基準日為準；其無需經主管機關核准者，以股東會決議減資之基準日為準。
四、因被投資事業合併而發生投資損失，以合併基準日為準。
五、因被投資事業破產而發生投資損失，以法院破產終結裁定日為準。
六、因被投資事業清算而發生投資損失，以清算人依法辦理清算完結，結算表冊等經股東或股東會承認之日為準。
七、公司依廢止前促進產業升級條例第十二條規定提列之國外投資損失準備，自提列年度起五年內若無實際投資損失發生時，應將提列之準備轉作第五年度之收益課稅。
八、營利事業因解散、撤銷、廢止或轉讓，依所得稅法規定計算清算所得時，其國外投資損失準備餘額有累積餘額，應轉作當年度之收益課稅 。
營利事業所得稅結算申報稅法上應知實務知識及案例:
非小規模營利事業104年度起營利事業所得稅申報應繳納全年應納稅額半數
非屬小規模營利事業之獨資合夥組織辦理結(決)、清算申報的報繳稅方式，自104年度起依103年6月4日修正公布之「所得稅法」第71條、第75條規定，將由原本「須申報、不須繳納」變更為「須申報、須繳納」。
非小規模營利事業之獨資合夥組織辦理104年度營利事業所得稅結(決)、清算申報時，要以全年應納稅額的半數，減除尚未抵繳的扣繳稅額來計算應繳稅額，於申報前自行繳納；並以其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，列為獨資資本主或合夥人個人綜合所得稅的營利所得，申報個人綜合所得稅。因此以往作為個人綜合所得稅抵繳之「扣繳稅額」，已移往營利事業所得稅全年應納稅額半數中抵繳，無可抵繳之扣繳稅額，不可再重複扣抵。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，非屬小規模營利事業應注意上述修正規定，另若是小規模營利事業(每月銷售額未達使用統一發票標準，目前為平均每月新臺幣200,000元，按查定課徵營業稅之營業人)，維持原本制度課徵綜合所得稅，仍無須辦理營利事業所得稅結(決)、清算申報。
營利事業所得稅結算申報稅法上應知實務知識及案例:
獨資合夥組織非小規模營利事業申報繳稅方式改變了
獨資合夥企業的獨資資本主或合夥組織合夥人要注意了，因103年6月4日公布「所得稅法」部分條文修正案，修正所得稅法第71條、第75條規定，有關非小規模營利事業之獨資合夥組織辦理結(決)、清算申報的報繳稅方式，並自104年度起施行，自辦理104年度營利事業所得稅結(決)、清算申報時，要以全年應納稅額的半數，減除尚未抵繳的扣繳稅額，計算應繳的結算稅額於申報前自行繳納；並以其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，列為獨資資本主或合夥人個人綜合所得稅的營利所得，課徵綜合所得稅。
小規模營利事業，無須辦理結(決)、清算申報，但其營利事業所得額，仍維持現行課稅制度，由獨資資本主或合夥人列為個人綜合所得稅的營利所得，課徵綜合所得稅。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，國稅局對於營利事業承租繁榮地段店面，其申報之租賃所得與當地行情顯不相當，涉及短漏報扣繳租賃所得者，列為重點查核對象。 阿甘創業加盟網建議創業者、開店商家經營業者特別是連鎖加盟業者，應按實扣取稅款及填報憑單，如有未依規定辦理扣繳或憑單申報情事，在未經檢舉及未經稽徵機關進行調查前，自動向轄區國稅局補繳稅款並補報，依法可減輕處罰。
營利事業所得稅結算申報稅法上應知實務知識及案例
國稅局103年修正營利事業所得稅結算申報部分法規
國稅局103年營利事業所得稅結算申報部分法規作了新修正，新修正內容與開店商家有關資訊如下：
依行政院1010927院臺財字第1010058943號令，
1.營利事業基本稅額之徵收率由10%修正為12%。扣除額由200萬元修正為50萬元（所得基本稅額條例第8條規定），並自102年度生效。
2.使用收銀機開立統一發票之獎勵措施將於102年落日，改由使用電子發票之營利事業繼續適用（財政部1010927台財稅字第 10104609090號令）。
3.公司組織之營利事業如依公司法第241條第1項規定將資本公積一部或全部，按股東原有股份之比例發給新股或現金，發給新股部分請填入「資本公積配股金額(10)欄位」；發給現金部分，請依股東取得之現金是否具有出資額性質，分別填入「資本公積發給現金」項下之「不具出資額性質(股利)(17)」及「具出資額性質(非股利)(18)」欄位。有關資本公積之認定，以股東會決議為準，股東會決議未載明時，以公司會計帳冊簿據紀錄為準。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，應注意在規定期限內103年5月1日至103年6月3日（103年5月31日適逢假日順延至103年6月3日）辦理結算申報營利事業所得稅，以免因逾期以致多繳納自動補報利息、滯納金、滯報金、怠報金等。
營利事業所得稅結算申報稅法上應知實務知識及案例:
獨資、合夥組織營利事業短漏報所得額營利事業裁罰基準計算公式出爐
獨資、合夥組織之營利事業開店商家短漏報所得額營利事業裁罰基準之計算公式，自98年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，營利事業所得稅查核準則於101年1月4日修正公布，第112條第2項增訂獨資、合夥組織之營利事業依所得稅法第110條第4項規定應處罰鍰之申報案件，應先就申報部分核定所得額（負數以零計算），並依公式計算之金額按規定倍數處罰。
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