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財政部於106年1月12日修正發布「電子發票實施作業要點」，除修正增訂電子發票證明聯「格式二」，考量營業人及加值服務中心須配合調整相關系統，自106年4月1日生效外，其餘修正規定自中華民國106年1月1日生效。
本次修正(或新增)規定重點如下：
一、修正新增電子發票證明聯(格式二)之格式，以符合營業人營業需要。（修正第2點及附件）阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，此次財政部修正明確規範實體店面電子發票營業人應設置掃描機具，以利消費者掃讀共通性載具，另規範營業人應依規定至財政部電子發票整合服務平台下載中獎清冊並通知持會員載具之中獎人，以確保消費者權利。
二、營業人或加值服務中心電子發票系統應依規定自我檢測；加值服務中心如發現營業人開立電子發票異常應通知營業人改善，以降低電子發票開立異常風險。（修正第7點、第10點及第16點）
三、除無實體店面之營業人外，營業人應具備讀取共通性載具之條碼掃描機具或設備，以利民眾以共通性載具索取無實體發票，落實無紙化政策。(修正第21點)
四、營業人接受消費者使用之載具，無法於整合服務平台查詢、捐贈或歸戶者，應依規定自整合服務平台下載中獎清冊，並依規定通知中獎人，以提升無實體電子發票專屬獎項獎金兌領率。(修正第23點)
五、加值服務中心違反本作業要點、其他相關法律或資訊安全管理規範，所在地主管稽徵機關得要求其限期改善。(修正第26點)
六、考量目前尚有部分買受人資訊化程度無法配合於整合服務平台、加值服務中心或自有之電子發票系統接收電子發票，將買受人得以取得電子發票證明聯為接收電子發票方式之實施期限展延至107年12月31日止。(修正第31點)
| 電子發票相關稅法條文 統一發票使用辦法第 7 條 統一發票之種類及用途如下： 一、三聯式統一發票：專供營業人銷售貨物或勞務與營業人，並依本法第四章第一節規定計算稅額時使用。第一聯為存根聯，由開立人保存， 第二聯為扣抵聯，交付買受人作為依本法規定申報扣抵或扣減稅額之用，第三聯為收執聯，交付買受人作為記帳憑證。 二、二聯式統一發票：專供營業人銷售貨物或勞務與非營業人，並依本法第四章第一節規定計算稅額時使用。第一聯為存根聯，由開立人保存，第二聯為收執聯，交付買受人收執。 三、特種統一發票：專供營業人銷售貨物或勞務，並依本法第四章第二節規定計算稅額時使用。第一聯為存根聯，由開立人保存，第二聯為收執聯，交付買受人收執。 四、收銀機統一發票：專供依本法第四章第一節規定計算稅額之營業人，銷售貨物或勞務，以收銀機開立統一發票時使用。其使用與申報，依 「營業人使用收銀機辦法」之規定辦理。 五、電子計算機統一發票：供營業人銷售貨物或勞務，並依本法第四章第一節規定計算稅額者，第一聯為存根聯，由開立人保存，第二聯為扣抵聯，交付買受人作為依本法規定申報扣抵或扣減稅額之用，但買受人為非營業人時，由開立人自行銷燬，第三聯為收執聯，交付買受人作為記帳憑證；其供營業人銷售貨物或勞務，並依本法第四章第二節規定計算稅額者，第一聯為存根聯，由開立人保存，第二聯為收執聯 ，交付買受人收執。其使用及申報，均依第四章規定辦理。 | 六、電子發票：指營業人銷售貨物或勞務與買受人時，以網際網路或其他電子方式開立、傳輸或接收之統一發票；其應有存根檔、收執檔及存證檔，用途如下： （一）存根檔：由開立人自行保存。 （二）收執檔：交付買受人收執，買受人為營業人者，作為記帳憑證及依本法規定申報扣抵或扣減稅額之用。 （三）存證檔：由開立人傳輸至財政部電子發票整合服務平台（以下簡稱平台）存證。 前項第一款至第五款規定之統一發票，必要時得經財政部核准增印副聯。 電子發票之開立人及買受人，得分別自存根檔或平台存證檔，依規定格式與紙質下載列印電子發票證明聯，以憑記帳或兌領獎。 開立電子發票之營業人，應於開立後四十八小時內將統一發票資訊及買受人以財政部核准載具索取電子發票之載具識別資訊傳輸至平台存證，並應 使買受人得於該平台查詢、接收上開資訊；買受人為營業人者，至遲應於電子發票開立後七日內，完成買受人接收及由開立人將統一發票資訊傳輸 至平台存證。如有發票作廢、銷貨退回或折讓、捐贈或列印電子發票證明聯等變更發票資訊時，亦同。 開立人符合前項規定者，視為已將統一發票交付買受人，買受人視為已取得統一發票。但有其他不可歸責於營業人之事由，致無法依前項規定辦理 者，應於事由消滅之翌日起算三日內完成傳輸並向所在地主管稽徵機關申請，經該管稽徵機關核准者，視同已依規定交付。  (此照片與內文無關) 統一發票使用辦法第 24 條 業人開立統一發票書寫錯誤者，應另行開立，並將誤寫之統一發票收執聯及扣抵聯註明「作廢」字樣，黏貼於存根聯上，於當期之統一發票明細表註明。 統一發票使用辦法第 24-1 條 營業人遇有機器故障，致不能開立電子計算機統一發票或第七條第三項規定之統一發票時，應以人工依照規定開立，並於填報明細表時註明。 統一發票使用辦法第 24-2 條 營業人開立統一發票，其字軌號碼如因列印或開立錯誤致發生代發獎金單位溢付獎金者，該溢付獎金應由該營業人償還。 |
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電子發票對中200元中獎人質疑店家冒領獎金
財政部南區國稅局針對民眾在臉書貼文，電子發票對中200元，領完錢卻被郵局通知返還，質疑店家冒領獎金，說明如下：
一、經查證本案被追回獎金印有「補印」字樣的「電子發票證明聯」，係茶飲連鎖業者「Tea，s原味」嘉義北興店所開出，店家當時因發票機卡紙，造成「電子發票證明聯」只印出一半，故再補印1張，卻疏忽誤輸入前1張發票的字軌號碼，造成補印的發票字軌號碼與前1張發票字軌號碼相同的錯誤，惟本案店家已致贈200元作為賠償，該店家尚無涉及冒領獎金情事，特此澄清。
二、至該店家因人員操作錯誤，影響民眾對獎權益，已輔導改善，並請其加強內部控管機制，以避免類此情形再次發生。
三、民眾取得之「電子發票證明聯」，如有破損不全或填載模糊不清、無法辨認之情形，可以請原開立店家補印，補印之「電子發票證明聯」加註「補印」字樣，如有中獎，中獎人須持原來的「電子發票證明聯」及補印的「電子發票證明聯」供代發獎金單位核對，才能給獎。
阿甘創業加盟網整理出開店商家常見的電子發票問題供創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者參考，
1.電子發票開立錯誤該如何處理
電子發票開立錯誤者，一旦執行送出的步驟，即無法辦理更正，應作廢重新開立。若未超過申報期限者如發現有開立錯誤情形，可由賣方營業人執行作廢電子發票功能或通知買方營業人逕予退回該發票；若已超過申報期限者，則由賣方營業人檢附證明文件申請專案作廢，並上傳電子發票整合服務平台，上傳時需註明專案作廢文號。
2.對於已開立之電子發票如有作廢、銷貨退回或銷貨折讓該如何處理
營業人開立電子發票，應依統一發票使用辦法第七條第四項規定之時限將統一發票資訊及買受人使用載具之識別資訊傳輸至整合服務平台存證。如有發票作廢、銷貨退回或折讓、捐贈或列印電子發票證明聯等變更發票資訊時，亦同。
3.電子發票發票碼模糊該如何處理
若消費者因部分發票碼模糊，經判定仍可辨識發票號碼，可補印電子發票證明聯(依法規定補印以一次為限）；若補印電子發票有中獎，依規定中獎人單獨持有補印的發票不能兌獎，須持有電子發票證明聯正本及補印的電子發票證明聯，才可以兌獎。
 (此照片與內文無關) | 營利事業開立電子發票稅法上應知實務知識:公用事業開立電子發票如何申報營業稅？ 營業人用戶申報營業稅，自105年1月1日取得水、電、天然氣及電信等公用事業開立無實體電子發票，得於繳費後以公用事業開立之繳費通知單或已繳費憑證之載具號碼辦理申報。 公用事業開立之繳費憑證其進項憑證申報營業稅格式代號：25(進項)、23(進貨退出或折讓)。載具號碼前5碼（「年期別」）為申報開立年月，發票號碼如列式於已繳費憑證上則依式登錄，如未列式則以載具號碼第6碼至第15碼共10位登錄（載具流水號：BB+8位英數字)。 阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家特別是連鎖加盟業者，提前做好因應電子發票格式代號變更，配合修改發票開立及會計帳務等相關系統之轉換，以順利銜接營業稅申報作業。財政部電子申報繳稅服務網站（http://tax.nat.gov.tw)，已於105年2月26日起提供新版營業稅網路申報繳稅系統程式（版本為13.10版），請營業人儘速至該網站下載安裝更新。 |
| 營利事業開立電子發票稅法上應知實務知識:電子發票營業用戶儘速向公用事業申請於統一發票正確登載買受人名義 水、電、瓦斯等公用事業產製抬頭為105年1月以後之繳費通知單或已繳費憑證，於用戶繳費後應依規定時限開立統一發票，財政部考量營業人尚需時日向公用事業申請買受人名義變更，因此訂定105年全年為輔導期間，於輔導期間內，承租不動產之營業人用戶於租賃期間繳納之水、電、瓦斯等費用得以出租人名義之統一發票申報扣抵銷項稅額。 阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家特別是連鎖加盟業者，為免106年輔導期間結束後，營業人用戶繳納水電瓦斯等公用事業費卻無法申報扣抵營業稅，營業用戶應儘早向各公用事業申請正確登載買受人名義，以免影響權益。 |  (此照片與內文無關) |
營利事業開立電子發票稅法上應知實務知識:營業人互有交易不得以相抵後之淨額開立發票
有一甲公司年度向乙公司承租賣場銷售服飾，約定年租金3,000萬元，並於該年度銷售貨物予乙公司計1億元，雙方約定由甲公司依差額開立7,000萬元之發票；經該局查獲後，除補稅外並核認甲公司短漏開統一發票3,000萬元及未依規定給與乙公司憑證3,000萬元，核處漏稅額150萬元，及行為罰100萬元(3,000萬元×5%=150萬元，依規定該處罰金額最高不得超過新臺幣100萬元)，經擇一從重按漏稅額150萬元處5倍以下之罰鍰；而乙公司未依規定取得憑證應裁處行為罰100萬元。
另乙公司收取租金短漏開統一發票3,000萬元及未依規定給與甲公司憑證3,000萬元，除補稅外亦被擇一從重按漏稅額150萬元處5倍以下之罰鍰；而甲公司未依規定取得憑證亦遭裁處行為罰100萬元。
營業人間若互相交易，應就各自交易金額分別開立統一發票，勿以交易金額互抵後之淨額單方開立統一發票。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，營業人互有交易，應就各自交易分別開立統一發票與對方，並如實全額申報營業稅，而非以互抵後之淨額單方開立發票，否則一經查獲依違反加值型及非加值型營業稅法第1條、第35條規定，將遭補稅處罰，得不償失。
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